Les vols entre Dzaoudzi et la Réunion ont lieu plusieurs fois par jour et les correspondances sont assez bien étudiées, même s'il arrive parfois qu'on reste bloqué une nuit à la Réunion quand le calcul a été un peu juste ou qu'un des vols a du retard. Le trajet Réunion-Mayotte se fera obligatoirement par la compagnie Air Austral qui a le monopole sur cette ligne. De ce fait, ce trajet coûte sensiblement le même prix que le trajet Réunion-métropole! Voire plus cher si l'on arrive à trouver un billet "dégriffé" Paris-Réunion, ce qui est impossible sur la deuxième partie de votre voyage. Régulièrement, une compagnie tente d'ouvrir de nouvelles lignes passant soit par les Comores, soit par les Seychelles. Malheureusement, jusqu'à maintenant, ces lignes n'ont pas tenu longtemps. Méfiez-vous également de certains compagnies qui proposent des vols par des compagnies "exotiques" qui disparaissent entre le paiement de votre billet et la date de votre départ. Mayotte connaît une mésaventure de ce type en moyenne tous les deux ans.
Tous les habitants et les acteurs économiques de Mayotte attendent avec impatience l'allongement de la piste de l'aéroport de Dzaoudzi qui permettrait d'accueillir les avions gros porteurs et donc d'envisager des vols Mayotte-métropole directs. Ces travaux sont promis, des études ont été faites, mais des blocages persistent sans que l'on sache avec précision d'où ils proviennent. On entend souvent parler de manque de rentabilité. Cependant, depuis 2007, il existe des vols directs dans le sens métropole-Mayotte. Le vol inverse passe par une escale, soit à Moroni, soit à Antanarivo à Madagascar. L'explication de ce montage étrange vient de ce qu'un avion en bout de parcourt peut se poser à Mayotte, étant plus léger, mais ne peut décoller quand les réservoirs sont pleins.
L'aéroport de Moroni à Grande-Comore accueille les gros porteurs et permet des vols directs ou avec escale vers la France. Il est donc possible de transiter par Moroni plutôt que par la Réunion. Malheureusement, les jonctions avec Mayotte sont aléatoires, tout comme les vols Moroni-France. De plus l'accident de l'A310 de Yemenia en juin 2009 n'est pas fait pour rassurer, même si, jusqu'à preuve du contraire, ni les installations comoriennes, ni l'état de l'avion ne sont en cause dans cet accident.
Une question se pose malgré tout : on parle souvent de coopération régionale, ne pourrait-elle commencer par là? Organiser les vols France-Moroni-Mayotte ne pourrait qu'être avantageux pour tout le monde. Moroni pourrait espérer une aide de la France (qu'elle a d'ailleurs déjà accordée en finançant la mise aux normes de sécurité du nouvel aérogare d'Hahaya à Moroni) qui utiliserait ses infrastructures et pourrait ainsi aider au bon fonctionnement de celles-ci. Des navettes Mayotte-Moroni permettraient aux voyageurs de Mayotte de faire une économie substantielle tant au niveau financier qu'en temps (aller Moroni-Marseille : 8 heures au lieu d'une quinzaine d'heures en passant par la Réunion (plus les escales...). Ce scénario, pourtant de bon sens bloque sur deux écueils. L'un, politique, tient à l'aversion du côté des élus mahorais de tout ce qui touche de près ou de loin aux Comores indépendantes. L'autre tient au quasi monopole d'Air Austral sur la destination. Le président d'Air Austral dirige également l'autorité qui délivre les autorisations de vol...
 Le passage par Nairobi est relativement satisfaisant, même si les retards sont fréquents, les escales peu confortables et le personnel au sol peu avenant. C'est à tel point que la direction a jugé bon d'afficher un avertissement qui dit en substance que toute altercation avec le personnel fera l'objet de répression de la part des services de sécurité. C'est dire si les incidents sont fréquents!
De plus, si vous devez faire une escale, même de 24h, il faudra, si vous voulez sortir de l'aéroport, vous acquitter d'un visa (50$), de frais de taxi (50$). De plus, l'hébergement à Nairobi est très cher. Une nuit d'escale peut très vite coûter plus de 200€ par personne! Si vous préférez rester dans l'aéroport, vous aurez le choix entre des chaises en plastique, vous allonger sur le sol ou prendre une chambre à 60$ pour 8 heures! Il faut donc veiller à la bonne concordance des horaires. La compagnie Air Madagascar propose depuis avril 2010 une liaison Dzaoudzi-Antananarivo-France à des prix concurrentiels.
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