Même si l'érosion a fait son œuvre, l'origine volcanique de Mayotte lui donne un relief très accidenté. L'île culmine à 660 m au mont Bénara. Cette hauteur peut être mise en rapport avec le sommet de l'île voisine d'Anjouan, plus jeune, où l'on peut monter à plus de 1500 mètres. Mayotte continue de s'enfoncer dans son lagon et finira un jour par disparaître, tout comme son ancienne voisine dont il ne reste plus que quelques récifs : le Banc du Geyser, situé au nord-est, entre Mayotte et Madagascar. 
La passe en S qui perce la barrière de corail en donnant accès au grand large, est tout ce qui reste de ce qui fut l'embouchure d'une rivière.
Cycle de vie d'une île volcanique :Mayotte en est à l'avant-dernier stade de son évolution. La dernière étape la fera disparaître dans l'Océan, ne laissant émerger que le récif corallien qui entoure son lagon.
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